學校以學科劃分為21個學院(系)，設有66個本科招生專業、143個碩士學位點、81個博士學位點、18個博士後流動站、18個國家重點學科，8個國家重點實驗室、22個省（部）級重點實驗室。哈工大還創辦了深圳研究生院、威海校區，建立了科學技術研究院和工業技術研究院，現在哈工大已經形成了“一校三區”的辦學格局。