在長期的辦學實踐中，東南大學不斷加強教育教學改革，努力推進素質教育，著力培養學生的創新精神和實踐能力。1996年通過“本科教學優秀學校評價”，是全國首批獲此殊榮的3所高校之一。2003年成為國家積體電路人才培養基地之一。截止目前，全校共有15門課程入選國家精品課程。學校共有40多個院、系，全日制在校生26000多人，其中研究生9000多人。另有非學歷教育研究生近3000人。2002年被批准試辦示範性軟體學院。2003年經教育部批准與社會力量共同投資興辦了東南大學成賢學院。2004年，在20年強化班辦學經驗基礎上成立了吳健雄學院。該學院依託學校的重點學科，彙集學校一流教師，享用學校一流資源，採用分級導師制，是東南大學精英教育的“人才培養特區”。學校還設有國家級電工電子基礎課程教學基地(基地具有電工電子實驗中心、電腦硬體應用實驗中心和EDA實驗中心等)、計算中心、現代分析測試中心、電化教育中心、工業發展與培訓中心等教學實習基地，並建立了網上遠端教育系統，實現了教學科研手段的現代化。學校圖書館面積6萬多平方米，藏有各類圖書資料277萬冊。