2006年夏季起，學校主教學區遷至江甯新校區（亦稱“九龍湖校區”），新校區坐落在江寧開發區南部，清水亭路以東、甯溧路以西、城南大道以南、二環路以北的範圍內（約3700畝），這裏交通便利，環境優美，周邊的配套基礎設施完善，是理想的修業治學之地。新校區建築規劃以東南大學的歷史文脈為依據，採取公共核心教學組團加專業教學族群組團相結合的校園建築形態，形成中西合璧、綠色開放的森林之城和活力之城。新校區一期建設工程包括教學區、行政區、本科生、研究生生活區、教師生活區、後勤保衛區以及體育設施和基礎設施建設，總建築面積約56萬平方米，總投資約13億元。良好的辦學條件和優質的教學資源為來校深造的莘莘學子提供了理想的學習環境。