南京大學的改革和事業發展，得到了黨和政府的重視，以及社會各界的廣泛關注與支持。1992年，中共中央總書記江澤民親臨南大視察，並揮毫寫下了“把南京大學辦成具有國際影響和富有特色的教學科研中心”的題詞。1994年，南京大學被列入國家首批“211工程”建設序列。1999年7月和2006年10月，國家教育部與江蘇省人民政府兩次簽訂協議，在“985”工程一期、二期中連續共同注資重點建設南京大學，支持南大創建世界一流大學。2002年5月，南京大學以“承百年傳統、展輝煌成就、揚南大精神、創世界一流”為主題，隆重慶祝建校100周年，成功舉辦了“南京大學建校100周年大會”、“世界著名科學家論壇”、“追問大師”等一系列旨在弘揚科學和人文精神的紀念活動，授予馮元楨等7位校友“世紀校友學術成就金質獎章”，25000餘名校友及包括6位諾貝爾獎獲得者、120多位院士、100多位大學校長的數千海內外來賓抵寧參加校慶活動，各界校友和賢達為校慶認捐總額超過1.39億元，在社會各界引起了強烈反響。