1986年經原國家教委批准與籌建中的南京中藥學院合併成立中國藥科大學，學校進入發展的新時期。1996年5月學校通過“211工程”部門預審，跨入國家重點建設的百所院校行列。經過近70年的勵精圖治，銳意進取，學校已發展成為以藥學為特色，理、工、經、管、文學科兼有的、特色鮮明的多科性大學。學校原隸屬國家藥品監督管理局，2000年2月劃歸教育部。
