2000 年 7 月 31 日 原北京中醫藥大學與原北京針灸骨傷學院合併，組成新的北京中醫藥大學，並成為直屬國家教育部管理的重點大學。 學校現設有基礎醫學院、中藥學院、針灸學院、管理學院、護理學院、國際學院、遠端教育學院、繼續教育學院、臨床醫學院、文法系、台港澳中醫學部等教學機構。