建校後，科學院實施“全院辦校，所系結合”的辦學方針，學校緊緊圍繞國家急需的新興科技領域設置系科專業，創造性地把理科與工科即前沿科學與高新技術相結合，注重基礎課教學，高起點，寬口徑培養新興、邊緣、交叉學科的尖端科技人才，彙集了嚴濟慈、華羅庚、錢學森、趙忠堯、郭永懷、趙九章、貝時璋等一批國內最有聲望的科學家，得到迅速發展，建校第二年即被列為全國重點大學。1970年初，學校遷至安徽省合肥市，開始了第二次創業。1978年以後，學校銳意改革，大膽創新，在全國率先提出並實施了創辦少年班、首建研究生院、建設國家大科學工程、面向世界開放辦學等一系列具有創新精神和前瞻意識的教育改革措施，得到迅速恢復和發展。“七五”、“八五”期間一直得到國家的重點建設，很快發展成為國家高品質人才培養和高水準科學研究的重要基地。 20世紀90年代以來，學校主動適應國內外科技、教育和社會經濟發展的要求與挑戰，認真貫徹《教育改革和發展綱要》，大力推行教學科研改革和結構性調整，進行第三次創業。學校是國家首批實施“985工程”和“211工程”的大學之一，也是唯一參與國家知識創新工程的大學。目前，全校上下正深化改革，銳意創新，力爭在2018年建校60周年前後，把學校建設成為品質優異、特色鮮明、規模適度、結構合理的一流研究型大學，成為與科學院和其他專業研究院所及高科技企業相結合，面向全國培養具有創新能力和現代知識結構的一流人才，具有較強知識創新和技術創新能力的教育與科研基地，為實現“創寰宇學府，育天下英才”的宏偉目標而努力奮鬥。