新疆大學是一所具有悠久歷史和光榮革命傳統的學校，前身是創辦於1924年的新疆俄文法政專門學校，1928年8月，改稱為新疆省立俄文法政學校，1930年9月改為新疆俄文法政學院，1935年1月改建為新疆學院，1941年省建設廳農業學校併入新疆學院。1938年－1941年間，林基路、杜重遠、茅盾、祁天民、張仲實、薩空了、史枚、高滔、江豪、塗冶、趙丹、郭春則等一批教育家、藝術家和進步人士，先後來學校擔任領導、任教和講學，學校名副其實地成為新疆傳播革命真理的陣地和培養各族進步青年的搖籃。

1950年10月1日，新疆學院更名為新疆民族學院。1953年11月，西北民族學院畜牧系獸醫班併入新疆民族學院。1954年複名為新疆學院。1960年10月1日,正式成立新疆大學。1962年新疆大學與新疆師範學院合併，1962年7月新疆大學機械、電機、工電等3個工科專業劃入新疆礦冶學院。

1978年學校被國務院確定為新疆唯一的全國重點大學，1979年4月新疆大學由教師培訓部、三平分校劃出成立新疆師範大學，1997年列入國家“211工程”重點建設高校，2000年被確定為國家西部大開發重點建設大學。

新疆工學院前身是1953年1月成立的中蘇有色金屬公司礦山技術學校，1955年1月更名為重工業部烏魯木齊礦業學校，1956年9月易名為冶金工業部烏魯木齊礦業學校，1958年7月改名為新疆礦冶學院，1962年7月新疆大學機械、電機、工電等3個工科專業併入新疆礦冶學院，1966年5月更名為新疆工學院。

2000年10月20日，教育部批准了新疆大學和新疆工學院合併組建新的新疆大學。2000年12月30日，新疆大學與新疆工學院合併組建新的新疆大學。2004年，新疆大學被國家教育部正式納入與新疆自治區人民政府“省部共建”高校。