學校1954年由原第四軍醫大學和原第五軍醫大學合併而成。原第四軍醫大學的前身是創建於1941年的晉西北軍區衛生學校，原第五軍醫大學的前身是創建於1935年的中央大學醫學院。學校1959年被中共中央確定為全國首批重點大學，1995年進入軍隊重點建設院校行列，1997年成為國家首批“211工程”重點建設院校。學校校本部坐落在古城西安，占地面積2840畝。