校占地面積122萬平方米，建築面積73.5萬平方米。校園建築中西合璧，飛簷碧瓦，氣勢恢宏。現設有船舶工程學院、建築工程學院、動力與能源工程學院、自動化學院、水聲工程學院、電腦科學與技術學院、機電工程學院、資訊與通信工程學院、經濟管理學院、材料科學與化學工程學院、理學院、人文社會科學學院、核科學與技術學院、國際合作教育學院、繼續教育學院等15個學院，以及外語系、工程訓練中心、體育軍事訓練部等3個教學系部、中心；設有船大工程技術設計研究院、深海工程技術研究中心、核動力仿真研究中心等40多個研究機構；建有各類專業和基礎實驗室126個，其家級重點實驗室2個，國家電工電子教學基地1個，國家電工電子實驗教學示範中心1個，省部級重點實驗室11個。

在半個多世紀的歷程中，學校形成了“三海一核”領域主體學科特色鮮明、相關學科整體配套、專業結構佈局合理的學科專業體系。現有本科專業50個（其中3個未招生），碩士學位授權點93個，博士學位授權點25個，博士後科研流動站9個，博士後科研工作站1個，學科專業涉及7個學科門類和37個一級學科。水聲工程，船舶與海洋結構物設計製造，導航、制導與控制3個學科為國家重點學科，核能科學與工程、輪機工程、固體力學等7個學科為國防重點學科，船舶與海洋工程流體力學、特輔裝置系統、信號與資訊處理等24個學科為省部級重點學科，船舶與海洋工程、熱能與動力工程、核工程與核技術3個專業為國防重點專業，自動化等8個專業為黑龍江省重點專業。