延邊大學成立於1949年4月，是一所具有鮮明民族特色的地方綜合性大學。1957年9月前曾隸屬於國務院高教部，之後劃歸吉林省所屬。建校初期，學校設有文學部、醫學部和農業專科，後來經過院系調整，將原有的學部和農業專科發展成為師範學院、醫學院和農學院。1958年8月，為了適應國民經濟和社會發展的需要，醫學院、農學院、工學院從延邊大學中分離出來，成為各自獨立的延邊大學、延邊醫學院、延邊農學院、延邊工學院。1959年3月，延邊工學院又併入延邊大學。1983年1月成立了延邊師範高等專科學校。1988年6月成立了吉林藝術學院延邊分院，1995年被列為吉林省重點綜合性大學。

1996年經原國家教委批准，延邊大學、延邊醫學院、延邊農學院、延邊師範高等專科學校、吉林藝術學院延邊分院等延邊五所高等院校正式合併為新的延邊大學，同年10月，中國改革開放以來建立的第一個中外合作辦學機構——延邊科技大學（籌）併入。學校先後通過了“211工程”部門預審和立項審核，被確定為國家“211工程”重點建設大學。2001年，學校被教育部確定為西部開發重點建設院校。2005年被確定為吉林省人民政府和教育部共同重點支持建設大學。