學校現設有經濟管理學院、法學院、師範學院、體育學院、人文社會科學學院、朝鮮—韓國學學院、漢語言文化學院、外國語學院、藝術學院、理學院、工學院、農學院、基礎醫學院、臨床醫學院、藥學院、中醫學院、護理學院、科學技術學院、成人教育學院等19個學院，所設的學科專業涵蓋哲學、經濟學、法學、教育學、文學、歷史學、理學、工學、農學、醫學、管理學等十一個學科門類。有69個本科專業，8個博士學位授權點，78個碩士學位授權點,4個專業碩士點；擁有1個國家級重點學科，8個省級重點學科，2個省級重點建設學科，2個省級重點資助建設學科，1個教育部省屬普通高校人文社會科學重點研究基地，1個吉林省哲學社會科學東北亞研究基地。設有東北亞研究院、東方文化研究院、長白山天然資源保護與開發研究院、民族研究院等8個校直屬研究機構，圖們江開發研究所、中、朝、韓、日關係史研究所等41個院屬科研機構，國家教育部中、朝、韓、日比較文化研究中心、延邊精細化工中試基地等5個科研基地。中華日本哲學研究會、朝鮮歷史研究會等4個全國性學術團體會址設在該校。學校先後建立了教育部省屬高校人文社會科學研究基地——中朝韓日文化比較研究基地、國務院僑辦華文教育基地、國家漢辦對外漢語重點學校、吉林省哲學社會科學東北亞研究基地、省部共建教育部“長白山天然資源與功能分子實驗室”等教學、科研基地。學校先後開展科研課題1601項，獲得省部級以上科技成果150多項。獲得國家優秀教學成果獎2項、省優秀教學成果獎15項。

學校圖書館有各類藏書230多萬冊，中外期刊7298種，並設有6075個多媒體教室座位。學校編輯出版《延邊大學學報》、《東疆學刊》、《漢語學習》等學術刊物6種，2005年,該校《東疆學刊》“東北亞文化研究”被教育部列為高校哲學學報名欄建設。學校出版社現已編輯出版高等教育教材和學術論著以及其他圖書1000種；國內外交流與合作十分活躍，學校先後與8個國家和地區的83所大學、科研機構建立了合作與交流關係。