新疆大學屬自治區高水準科研基地，“十五”以來，學校獲准的國家自然科學基金專案數和經費數，分別占全自治區科研單位和大專院校獲准專案數的40%、經費數的50%；學校獲得的縱橫向科研專案和經費數均占自治區的50%。《新疆大學總體發展戰略規劃》確定了學校的發展目標：到2010年前後，把新疆大學建成特色鮮明、整體辦學實力居於全國地方綜合性大學較高水準、在中亞地區有重要影響的教學研究型大學；到新疆大學建校100周年（2024年），力爭把新疆大學建設成為國內先進、中亞一流、國際知名的研究型大學。
