近年來，學校以教育教學作為立校之本，通過實施“優秀中學教師培養工程”，大力進行教學改革，不斷優化人才培養過程。2001年，國家教學成果評獎中，東北師範大學獲得14項國家級和省級教學成果獎，“優師工程”榮獲國家級教學成果一等獎。2003年，學校開始新一輪本科教學改革工程，突破傳統的以專業教育為主線的課程結構，實行現代教育理念下以課程為中心的新模式，並在此基礎上推行學分制；改革本科招生方式，在經濟、管理、教育、新聞傳播、生物、數學、物理等學科領域實行按一級學科招生，兩年後分流；文、史、哲按二級學科招生聯合培養；推行“寬口徑、厚基礎、精專業、多出路”的人才培養新模式；修訂培養規格與課程計畫，建立新的課程體系；加大新專業建設力度，加強師德師風建設。同時，學校與英國、日本、韓國等多所大學合作，通過“3+1”或“2+2”培養模式，培養中國某些短缺專業的人才。