學校學科基礎雄厚，整體實力較強，是中國首批具有博士、碩士、學士三級學位授予權的高等院校之一。下設19個學院和1個教學部。學科覆蓋農學、工學、理學、經濟學、管理學等學科門類。現有3個國家級重點學科，2個農業部重點學科，18個省級重點學科；6個博士後科研流動站，1個博士後科研工作站， 32個博士學位授權點，65個碩士學位授權點，66個本科專業。學校設有科技部國家大豆工程技術研究中心人才培訓部、農業部俄語培訓中心，生物學設有教育部國家理科基礎科學研究和教學人才培養基地。

學校具有良好的辦學條件。占地面積301萬平方米，總建築面積79萬平方米，教學科研儀器設備總值2.14億元。圖書館藏書162.07萬冊（其中電子圖書65.99萬冊），是學術期刊（光碟版）的一級檢索站。2000年被教育部批准開展現代遠端教育，是全國首批31個試點高校中唯一的地方院校。主辦期刊《東北農業大學學報（自然科學版）》、《東北農業大學學報（社會科學版）》、《東北農業大學學報（英文版）》、《馬鈴薯》、《飼料博覽》、《乳品工業》、《乳品與人類》、《乳品工業》、《漁業經濟研究》、《大豆通報》在國內外公開發行。