學校始終瞄準高新科技前沿，堅持圍繞國家和區域性重大戰略需求，積極開展面向農業生產實際的應用基礎性和應用性研究。建校以來，先後取得科研成果5000餘項，獲獎成果1500餘項，其家級獎勵122項，培育出中國小麥推廣面積第一的“碧瑪一號”、長期主導中國小麥品種換代的“小偃6號”、自育蘋果品種推廣面積最大的“秦冠”等重要成果，科技成果轉化產生的直接經濟效益累計超過2000億元。合校以來，科技創新實現快速發展，2005年到位科技經費達15346.8萬元，24項成果獲得國家和省部級獎勵。現有16家農、林、水專業學會掛靠學校，編輯出版21種學術期刊，建立了大學出版社。
學校依託楊淩示範區，積極開展科技成果的示範推廣和產業化工作。1999年以來，與全國50多個縣市地方政府、企業建立了科技合作關係，建立科技示範基地45個、科技專家大院37個，科技成果推廣創造直接經濟效益190多億元。在國內率先提出並積極探索以大學為依託的農業科技推廣新模式，受到了國家的重視和支持。學校科技園暨留學人員創業園首批進入國家級大學科技園，創辦各類科技企業26家，示範推廣農畜良種100多個，開發新產品40多種。