內蒙古大學現有9個學科門類，是一所集哲學、經濟學、法學、文學、歷史學、理學、工學、農學、管理學等學科於一體的綜合性大學。蒙古學和生命科學兩個學科具有鮮明的民族特色和地區特色，在國內外享有盛譽。學校建立起了三級建制、兩級管理的管理體制，設有15個學院和1個公共教學部、學院所屬系34個。

截至2006年12月，內蒙古大學有2個國家重點學科，8個自治區重點學科；1個博士學位授權一級學科，19個二級學科博士學位授權點；8個碩士學位授權一級學科，92個碩士學位授權點（含5個專業學位授權點）；3個博士後流動站；59個本科專業；有4個國家級和2個自治區級基礎科學研究和教學人才培養基地，1個國家大學生文化素質教育基地；有1個省部共建國家重點實驗室培育基地，1個教育部人文社會科學重點研究基地，1個教育部重點實驗室，1個教育部民族學科文獻資訊中心，7個自治區重點實驗室。


學校公共服務體系日臻完善，服務能力增強。已經建成教育科研電腦網內蒙古地區主節點和內蒙古教育科研電腦網一級網路中心。校園網覆蓋了全校教學科研單位和管理部門，有力地促進了教學科研工作。全校圖書文獻總藏量達到149.29萬冊，圖書館是CALIS中心的B級成員館，是內蒙古高等教育文獻保障系統（NALIS）的中心館。全校一共建成了78個多媒體教室和6個語音教室，為教師使用現代教育技術手段授課，提高教學品質創造了條件。組織了重點課程上網，推進優質教學資源分享。數學分析和統計熱力學2門課程被評為國家精品課程。