創辦於 1958 年的附屬東直門醫院是學校臨床教學及醫療、科研基地。經過近半個世紀的艱苦創業，已發展成為一所醫教研力量雄厚、科室齊全、設備完善、綜合服務能力強並具有中醫專科專病特色的綜合性三級甲等醫院。附屬東方醫院於 1999 年開診，已建設成環境優美、佈局合理、設備先進、人才優化、管理科學、醫療水準一流、中醫特色突出、具有綜合服務功能的國家級現代化的綜合性中醫醫院。建於 1958 年的藥廠擁有雄厚的技術力量、齊全的生產設備和先進的工藝技術，現已通過小劑量注射液 GMP 認證。其拳頭產品“清開靈注射液”自 1992 年以來連續三次被審定為全國中醫醫院急診首選必備藥品。