南京農業大學前身是私立金陵大學農學院和國立中央大學農學院。1952年院系調整時，上述兩院以及浙江大學農學院部分系科合併，成立南京農學院。1963年被確定為全國兩所重點農業高校之一。1972年搬遷至揚州，與當時的蘇北農學院合併成立江蘇農學院，1979年搬回南京，恢復為南京農學院。1984年經教育部批准更名為南京農業大學。

1999年4月首批通過全國高校本科教學工作優秀評價。2000年6月建立研究生院。學校還設有“國家大學生文化素質教育基地”、“國家理科基礎科學研究與教學人才培養基地”和“國家生命科學與技術人才培養基地”。