學校有8個國家級重點學科，23個省（部）級重點學科。建有“作物遺傳與種質創新”國家重點實驗室和國家大豆改良中心，16個省部級重點開放實驗室和工程與檢測中心，以及96個校級研究所、研究室和工程技術研究中心。近五年來，國家自然科學基金、科技部、教育部、農業部等各級、各類專案立項總數超過1000項，獲資助總經費以年均20%的速度遞增，年獲國家自然科學基金項目經費超過1500萬元，在全國高校中位居前列。近10年來，共獲國家、部省級科技成果獎382項，其家級獎19項。獲得授權的發明專利50多項，審定品種40餘個；獲得部省級以上科技成果獎344項。《南京農業大學學報》2004年度獲全國高校優秀期刊評比一等獎、第二屆江蘇期刊方陣“雙十佳”期刊獎；2003年度獲“第二屆國家期刊獎重點期刊獎”、“百種傑出學術期刊”。學校充分發揮自身學科及人才優勢，主動為社會發展服務、為“三農”服務，創造了巨大的經濟效益和社會效益，多次被評為國家和江蘇省科教興農、科技扶貧工作先進單位。

學校國際交流與合作十分活躍，先後與美國、英國、荷蘭、德國、俄羅斯、日本、韓國、加拿大、澳大利亞等二十多個國家和地區的高校、研究機構建立了正式的校際關係或專案交流合作關係。

學校的發展定位是：以農業和生命科學為優勢和特色，農、理、經、管、工、文、法多學科協調發展、國內一流、國際知名的高水準研究型大學。在教學品質、學科建設、科學研究、管理水準和辦學效益等方面都得到明顯提高，整體實力達到中國高等教育的先進水準，主要辦學指標居於中國同類高校的前列，主幹重點學科接近和達到國際先進水準，成為以農業與生命科學為特色的知識創新與擴散基地，高層次創新、創業型人才的培養基地和區域性國際合作與學術交流中心。