校區總面積120公頃，各類實驗場、站面積440公頃，校舍建築面積65萬平方米，教學、科研儀器設備總值3.29億元。圖書資料收藏量172萬冊（部），擁有中外文全文期刊1萬餘種，中文電子圖書40餘萬種，中文電子期刊近1萬種，還擁有大量的數位資源和先進的網路檢索查詢系統。全校各類在校生共有25000多人，其中研究生6000多人，本科生近15000人。

全校現有生命科學學院、農學院、植物保護學院、資源與環境科學學院、園藝學院、動物科學技術學院（含漁業學院）、經濟管理學院、動物醫學院、食品科學技術學院、資訊科學技術學院、公共管理學院（含土地管理學院）、外國語學院、人文社會科學學院、理學院、工學院（含鄉鎮企業學院）、國際教育學院等16個學院和體育工作部。另設有金陵研究院、成人教育學院、中華農業文明研究院、中華農業幹部教育培訓中心南農大分院、長江學院和日語培訓中心等。

現有11個博士後流動站、12個一級學科博士學位授權點、17個一級學科碩士學位授權點，65個博士學科專業、106個碩士學科專業、56個本科專業，1個第二學士學位專業，以及獸醫博士和獸醫碩士、農業推廣碩士、工程碩士、公共管理碩士（MPA）、風景園林碩士等五種專業學位授予權，形成了博士、碩士、學士以及包括成人教育與幹部培訓在內的完整的人才培養體系。