學校現設訓練部、政治部、校務部、科研部、研究生院5個部院機關，下轄基礎部、海軍醫學系、藥學系、衛生勤務學系、護理學系、中醫系、外訓系、研究生管理大隊、學員旅、長海醫院、長征醫院、東方肝膽外科醫院、南京軍醫學院以及3個幹休所，共有教職員工10,000餘人。是一所為軍隊培養衛生專業技術幹部和衛生事業管理幹部的全國重點高等醫科大學。

學校現設臨床醫學、海軍臨床醫學、臨床精神衛生學、藥學、麻醉學、護理學、衛生事業管理學、醫學檢驗學、放射技術、醫學實驗技術等10個專業，招收博士、碩士、本科、大專等不同學歷層次的學員，是軍內唯一的醫藥學留學生培訓基地，擁有60個碩士學位授權學科，45個博士學位授權學科以及5個博士後流動站（臨床醫學、藥學、生物學、基礎醫學、公共衛生與預防醫學）。共為國防衛生事業培養輸送了40000餘名醫、藥、護、技和衛生管理合格人才，形成了以本科和研究生教育為主、專科教育為輔、各類成人教育為補充的比較完整的辦學體系。學校于1998年順利跨入國家“211工程 ”重點建設院校行列。