第四軍醫大學隸屬于人民解放軍總後勤部，面向全國招生。學校機關有四部和研究生院、下設基礎部、航空航太醫學系、生物醫學工程系、預防醫學系、藥學系、護理系、口腔醫學系、護理士官系、研究生管理大隊。下轄三所臨床醫學院，其中第一附屬醫院（西京醫院）、第二附屬醫院（唐都醫院）為現代化的綜合性附屬醫院，第三附屬醫院（口腔醫院）是全軍唯一的、在全國有很高知名度的口腔專科醫院。

學校人才濟濟，教學科研實力雄厚。全校現有教、醫、研人員3000餘名，其中正副教授（含相當職務）近700名，科學院院士和工程院院士各1名，長江學者6名，博士導師162名，碩士導師384名，享受政府特殊津貼專家261名，國務院學位委員會學科評議組成員3名；還聘請了周光召、楊振寧等80多位國內外知名專家為名譽教授或客座教授。

校遵循“教育要面向現代化、面向世界、面向未來”的指導思想，堅持“教書育人、管理育人、環境育人、服務育人”，努力培養適應國家現代化建設和未來軍事鬥爭需要的、德智體美全面發展的衛生專業技術人才。建校以來，已為軍隊培養了5萬餘名醫學專業人才，其中研究生3000餘人。不少已成為國內外知名的專家學者和我軍各級衛生機構的領導，還湧現出了曾被國家和軍隊授予 “富於理想、勇於獻身的優秀大學生張華”、“華山搶險戰鬥集體”和“模範學員大隊”等榮譽稱號的一批先進典型。教學改革成績顯著，2001年獲得國家級教學成果特等獎，與清華大學、北京大學同為獲得此項殊榮的三所高校之一。目前在校學員9000餘名，其中研究生2080餘名。