學校現轄魚山、浮山和嶗山三個校區，設有22個學部及院（系），76個本科專業。有7個博士後流動站，6個博士學位授權一級學科點，覆蓋44個博士學位授權學科專業，17個碩士學位授權一級學科、131個碩士學位授權學科專業，1個工商管理碩士（MBA）專業學位授予權點、1個公共管理碩士（MPA）專業學位授予權點、13個領域具有工程碩士專業學位授予權、2個農業推廣碩士學位授予權領域，15個授權點具有高校教師在職攻讀碩士學位資格、5個授權點具有中職教師在職攻讀碩士學位資格，涵蓋了理學、工學、農學、醫學、經濟學、管理學、法學、文學、歷史學、教育學等十大學科門類。學校有5個國家重點學科、7個教育部重點實驗室、2個教育部工程研究中心，17個山東省重點學科、10個山東省高校重點實驗室或基地、3個青島市重點實驗室。國家海洋藥物工程技術研究中心和聯合國教科文組織海洋生物工程中心設在該校。還擁有2個國家基礎科學研究和教學人才培養基地，1個國家生命科學與技術人才培養基地，1個“985工程”哲學社會科學創新基地和1個教育部人文社會科學重點研究基地，1個國家文化產業研究中心。學校擁有國家投資億元，供教學、科研使用的3500噸級海上流動實驗室—— 東方紅2號海洋綜合調查船。青島國家海洋科學研究中心2006年6月已被科技部批准正式籌建。由教育部主管、依託海洋大學等青島海洋研究優勢單位聯合建設的青島海洋科學與技術國家實驗室將於2007年啟動籌建。2006年9月28日，由教育部和國家海洋局共建，設在中國海洋大學的海洋發展研究中心揭牌運行。