依託多科學的綜合優勢和高素質的教師隊伍，南京大學的辦學水準和效益在全國高校中名列前茅。據統計，1992年以來，南京大學被國際權威的科研檢索資料《科學引文索引》（SCI）收錄的論文數連續7年位居大陸高校首位，被引用論文數也連續8年位居大陸高校第一。10餘年來，南京大學共獲國家級和省部級獎勵800餘項，其家自然科學獎、國家科技進步獎、國家發明獎40餘項。2000年以來，共獲得國家自然科學一等獎1項，二等獎9項。從1994年以來，南京大學獲得的國家自然科學基金專案、國家社會科學基金專案等，在全國高校中也名列前茅。
美國前總統布希、法國前總統密特朗、澳大利亞前總理霍克等國外政要也先後來南大訪問。南京大學為直接借鑒國外的教學科研及管理經驗，積極探索多形式、多層次的國際合作模式，先後與美國霍普金斯大學合作創辦了中美文化研究中心、與德國哥廷根大學聯合建立了中德法學研究所、與日本郵政省共建了唯一的“多媒體遠端衛星教育系統研究室”等，其中，中美文化研究中心經十多年的建設與發展，成為中美兩國在教育學術領域合作的成功範例，受到中美兩國領導人的重視和稱讚，被譽為“不出國的留學園地”，在國際上產生了重要的影響。