改革開放以來，南京大學逐步形成了人文、社會、自然、技術、生命、現代工程和管理等多學科協調發展的格局。目前，南京大學設有21個學院，57個系，擁有本科專業76個，碩士學位授權點207個（其中9個為學校自主設 置），專業碩士學位7個，博士學位授權一級學科點23個，博士點145個（其中9個為學校自主設 置），博士後流動站18個，國家重點學科28個，江蘇省重點學科24個，國家重點實驗室6個，國家基礎學科研究和應用人才培養基地11個，教育部人文社會科學重點研究基地4個。南京大學具有良好的教學、科研支撐條件。學校圖書館藏書量429餘萬冊，在全國高校名列前茅；學校建有各類研究所128個，跨學科的研究中心89個，並擁有現代分析中心、網路資訊中心、教育技術中心等大型教學科研實驗基地。