學校科學研究堅持“強化基礎、加強應用，推動創新，促進聯合”的指導思想，立足國際前沿，充分發揮藥學、中藥學學科齊全的優勢，通過學科群建設，促進了學科的交叉、滲透，顯著提高了科技攻關和科技創新能力。學校獲得國家、省、部級科技成果獎100多項，獲得國家新藥證書100多本，不少科技成果達到國際先進水準，其中由科學院院士徐國鈞教授主持的“常用中藥材品種整理和品質研究”榮獲國家科技進步一等獎。98年至今，承擔的國家“863”專案、“973”專案、國家自然科學基金重點專案等專案數，在國內同類院校和科研院所中位居前列。

學校面向教育國際化和科學技術迅猛發展的趨勢，面對醫藥經濟發展對高等藥學教育的新要求，不斷深化教育教學改革，努力提高人才培養品質。“九五”以來，承擔了國家“面向21世紀教學內容程與課程體系改革”課題6項，“世行貸款---21世紀初高等教育教學改革”課題3項以及一批省校級教育教學改革項目，形成了一批優秀的教學成果，有30多項教學成果（含優秀教材）獲國家、省、部級獎勵，其中由校長吳曉明教授主持的“高等藥學教育面向21世紀人才培養模式的研究與實踐”獲國家級優秀教學成果一等獎。

學校國際學術交流頻繁活躍，先後與日本、美國、英國、義大利、澳大利亞、比利時、香港等多個國家和地區的23所學校和科研院所簽訂了校際學術交流協定，還同德國、法國、俄羅斯、韓國、瑞士、瑞典、加拿大、香港、澳門等30多個國家和地區的有關院校及科研機構有學術上的聯繫。為五大洲34個國家培養博士、碩士、本科生，進修生400多人。

學校正認真貫徹國家科教興國方針，實施人才強校戰略，集全校之力，揚比較優勢，謀跨越發展，促整體提高，不斷抓住新機遇，迎接新挑戰，構築新優勢，贏得新發展，創造新輝煌。為創建國際知名的，以藥學為特色，理、工、經、管、文等學科協調發展的多科性、研究型大學而努力奮鬥。