學校由南京玄武門校區、燕子磯校區和鎮江校區組成。玄武門校區重點是研究生教育，坐落在風景如畫的玄武湖畔，校園內花木扶疏，綠草如茵；燕子磯校區重點是本科生教育，位於北臨萬里長江的燕子磯腳下，校園內依山建房，錯落有致，藥草滿園，風景秀麗，頗具園林建築風格；鎮江校區重點是高等職業技術教育，坐落在歷史文化名城鎮江市的東部文化教育區。2003年7月經教育部和江蘇省計委批准，學校在南京市建立江甯新校區。

目前，學校占地面積610畝，建築面積27萬平方米。在校研究生1380餘人（其中博士生約占1/3），全日制本專科生7500餘人，成人教育在籍生11000餘人。江甯新校區規劃占地面積2428畝，規劃建築面積68萬平方米，新校區將建成為數位化、人文化、園林式、現代可持續發展的大學校園。學校有固定資產23430萬元，其中教學科研儀器6483萬元。

學校建有校園電腦網路，有滿足教學需要的電腦室、語音室、多媒體教室。有一批裝備精良的本科生教學實驗室。有制藥有限公司、藥用植物園、中藥標本館、符合GMP要求的實訓基地等教學實踐基地。在江蘇、浙江、山東省，上海、天津市的一些著名醫藥企業建立了大學生教育實踐基地。